Il y a quatre-vingt-dix-sept ans de cela, en 2052, une guerre nucléaire mondiale a détruit l'intégralité de la terre et tout ce qui permettait à l'humanité d'y subsister. Environ 6,5 milliards de personnes sont décédées dans cette catastrophe. Seules les quelques 4000 personnes présentent sur les 13 stations en orbite autour de la terre survécurent. Plus tard, 12 des stations s'unirent afin de survivre et devinrent une seule station gigantesque nommée : l'Arche. Celle-ci mit une organisation au point et permit à l'humanité de survivre à l'Apocalypse.

En 2149, une faille dans le système de traitement de l'air de l'Arche est repérée. Les ingénieurs ne parviennent pas à résoudre le problème et sont contraints de soumettre un bilan aux dirigeants de l'Arche : d'ici quelques mois à peine, l'Arche se videra peu à peu de son air et tous ses occupants mourrons d'une lente asphyxie. Afin de survivre, les dirigeants des stations décident d'envoyer 100 délinquants mineurs sur terre afin de voir si elle est habitable bien que les estimations des scientifiques indiquent qu'elle ne le sera que dans trois ans, en 2152.

La mission des 100 est de survivre sur des terres inhabitées depuis quasiment un siècle et de transmettre les informations à l'Arche. Cependant, aucun d'entre eux n'avait pu imaginer qu'ils n'étaient pas les seuls sur terre.... La situation de l'Arche ainsi que le départ des 100 sont cachés aux habitants de l'Arche en attendant d'en venir à une conclusion : pourront-ils habiter la terre, ou seront-ils contraints d'éliminer les leurs afin d'économiser l'air ?